Хотя расширение DOM в РНР 4 и базировалось на библиотеке libxml2, его реализация все-таки не была свободна от недостатков: существовали ошибки, имели место утечки памяти и в большинстве случаев прикладной интерфейс не соответствовал рекомендациям W3C. В РНР 5 расширение DOM было полностью переписано заново. Теперь оно соответствует рекомендациям W3C. Например, названия функций теперь записываются в нотации studlyCaps (присваивание имен со смешанным употреблением заглавных и строчных букв) в соответствии с рекомендациями W3C, что значительно облегчает чтение документации и исходных текстов программ. Кроме того, новое расширение DOM поддерживает три вида схем проверки XML-документов - DTD, XML Schema и RelaxNG. В результате этих изменений программы, написанные на РНР 4, не всегда будут корректно работать под управлением РНР 5. Однако в большинстве случаев эта неприятность устраняется простым изменением имен вызываемых функций.